Το ΙΜΕ συμμετέχει σε μια σειρά έργων στο πλαίσιο ευρωπαϊκών προγραμμάτων έρευνας, πολιτισμού και εκπαίδευσης, καθώς και προγραμμάτων της Γενικής Γραμματείας Έρευνας και Τεχνολογίας (ΓΓΕΤ) και της Κοινωνίας της Πληροφορίας, με στόχο την ανάδειξη και προώθηση του πολιτισμού και την ανάπτυξη της εκπαιδευτικής και μουσειακής λειτουργίας του με τη χρήση των πιο σύγχρονων τεχνολογικών μέσων. Σε αυτό το πλαίσιο, το ΙΜΕ συνεργάζεται με σημαντικούς ερευνητικούς και πολιτιστικούς φορείς, πανεπιστήμια, μουσεία, υπουργεία και δημόσιες υπηρεσίες και ιδιωτικές εταιρείες στην Ελλάδα και την Ευρώπη. Συνεργασίες αναπτύσσει και με άλλους οργανισμούς, στο πλαίσιο των ενδιαφερόντων του, για την υλοποίηση των προγραμμάτων του.