Το εκπαιδευτικό λογισμικό είναι εφαρμογές οι οποίες πλαισιώνουν τις εκθέσεις και τα εκπαιδευτικά προγράμματα που υλοποιούνται από το τμήμα Μουσειοπαιδαγωγών του «Ελληνικού Κόσμου». Η θεματολογία των προγραμμάτων είναι μεγάλη και σκοπός τους είναι –με τη συμβολή του εκπαιδευτικού λογισμικού– οι επισκέπτες να κατανοήσουν σημαντικές πτυχές της ελληνικής ιστορίας και του πολιτισμού (π.χ. μαθηματικά, θέατρο), συμμετέχοντας ενεργά στο εκάστοτε πρόγραμμα. Εκπαιδευτικό λογισμικό δημιουργείται επίσης στο πλαίσιο ερευνητικών προγραμμάτων, το οποίο αξιοποιείται στους επισκέψιμους χώρους του «Ελληνικού Κόσμου».