Το φασιστικό κατοχικό καθεστώς εγκαθίδρυσε κλίμα τρομοκρατίας για να κάμψει την αντίσταση και το φρόνημα του ελληνικού λαού. Η πρόβλεψη θανατικής ποινής για την ελάχιστη ενέργεια που απέκλινε από τις διαταγές της κατοχικής διοίκησης (όπως η ακρόαση ραδιοφώνου), οι καθημερινές εκτελέσεις ομήρων και οι ομαδικές εξοντώσεις κατοίκων ολόκληρων χωριών ως αντίποινα για δολιοφθορές σε βάρος του στρατού κατοχής, οι επί τόπου εκτελέσεις πολιτών υποδεικνυόμενων ως αντιστασιακών από Έλληνες δοσίλογους στα λεγόμενα "μπλόκα", οι φυλακίσεις και οι βασανισμοί, οι εκτοπίσεις Ελλήνων στα γερμανικά στρατόπεδα συγκέντρωσης συναπάρτιζαν την κατασταλτική μηχανή των Γερμανών απέναντι σε κάθε αντιστασιακή ενέργεια. Στη γερμανική τρομοκρατία συνεπικούρησαν και τα λεγόμενα "Τάγματα Ασφαλείας", που αποτελούνταν από Έλληνες και συγκροτήθηκαν για πρώτη φορά από την κατοχική κυβέρνηση του Ιωάννη Ράλλη. Εξοπλισμένα και επιτηρούμενα από τους Γερμανούς, συνεργάστηκαν μαζί τους εναντίον των αντιστεκόμενων συμπατριωτών τους και έγιναν αναφορά πίκρας και φρίκης για τους υπόλοιπους Έλληνες.
Στρατόπεδα, όπως του Χαϊδαρίου, χώροι βασανιστηρίων, όπως το κτίριο της Γκεστάπο στην οδό Μέρλιν, τόποι εκτέλεσης, όπως το Σκοπευτήριο της Kαισαριανής στην Aθήνα και το Eπταπύργιο στη Θεσσαλονίκη, παραπέμπουν συμβολικά, στους κοινούς μας συνειρμούς, στους τόπους μαρτυρίου και θυσίας πατριωτών κατά την Kατοχή, ενώ γεγονότα όπως η πυρπόληση των Καλαβρύτων, της Κανδάνου και του Διστόμου με την παράλληλη εξόντωση του πληθυσμού τους αποτελούν κορυφαίες ελληνικές εμπειρίες της γερμανικής βαρβαρότητας.
Εξάλλου, όπως και στην υπόλοιπη Eυρώπη, οι Nαζί διενήργησαν και στην Ελλάδα την εξόντωση του εβραϊκού στοιχείου. Το 1943, από το Μάρτιο ως τον Αύγουστο, το σύνολο σχεδόν της εβραϊκής κοινότητας της Θεσσαλονίκης (50.000 άτομα περίπου) μεταφέρθηκε στο ’ουσβιτς, απ' όπου επέστρεψαν ελάχιστοι επιζώντες. Η εβραϊκή κοινότητα της Θεσσαλονίκης ξεκληρίστηκε. Συνολικά υπολογίζεται ότι 60.000-65.000 Έλληνες εβραίοι (σε σύνολο 80.000 περίπου) εκτοπίστηκαν στα ναζιστικά στρατόπεδα και η συντριπτική πλειοψηφία αποτέλεσε θύματα της Τελικής Λύσης. Η Ελλάδα έχασε από τα μεγαλύτερα στην Ευρώπη ποσοστά του εβραϊκού πληθυσμού της ενώ εξαφανίστηκαν μερικές από τις αρχαιότερες εβραϊκές κοινότητες της Ευρώπης, οι οποίες διαβιούσαν στην Ελλάδα. Να σημειωθεί ότι, εκτός εξαιρέσεων, αντισημητικό κίνημα δεν βρήκε απήχηση στην Ελλάδα και πολλοί Εβραίοι βοηθήθηκαν με διάφορους τρόπους να επιζήσουν από τους χριστιανούς συμπατριώτες τους. Στη διάσωση των Εβραίων της νότιας Ελλάδας σημαντική ήταν η συμβολή της Εκκλησίας. Ο Αρχιεπίσκοπος Δαμασκηνός οργάνωσε τη διαφυγή πολλών από αυτούς, ενώ και το Ε.Α.Μ/Ε.Λ.Α.Σ. συνετέλεσε επίσης στη διάσωσή τους.