Στις 23 Aπριλίου 1941, ο βασιλιάς και η κυβέρνηση αναχώρησαν από την Αθήνα για την Κρήτη, ενώ οι Γερμανοί προέλαυναν προς την πρωτεύουσα. Χάος και παράλυση είναι τα χαρακτηριστικά του σύντομου διαστήματος από την αναχώρηση των κυβερνώντων ως την είσοδο των Γερμανών στην Αθήνα. Πολλοί είναι αυτοί που αναχώρησαν επίσης για την Κρήτη και τη Μέση Ανατολή ή απλώς κατέφυγαν στην Πελοπόννησο και τα νησιά. Οι συνεχείς βομβαρδισμοί δρόμων και λιμανιών από εχθρικά αεροπλάνα ολοκλήρωσαν την εικόνα της αποδιοργάνωσης και του φόβου. Στις 27 Απριλίου οι Γερμανοί εισήλθαν σε μια σχεδόν άδεια Αθήνα, αφού οι κάτοικοι έμειναν πεισματικά κλεισμένοι στα σπίτια τους. Η ύψωση της ναζιστικής σβάστικας στην Ακρόπολη σηματοδότησε την αρχή της γερμανικής κατοχής. Διόρισαν κυβέρνηση "κουΐσλιγκς" με πρώτο πρωθυπουργό το Γεώργιο Tσολάκογλου, το στρατηγό που υπέγραψε τη συνθηκολόγηση.
Με την πτώση της Κρήτης στα τέλη του Μαΐου, σημειώθηκε η ολοκληρωτική κατάληψη της χώρας από τους Γερμανούς, που επέβαλαν τη "Nέα Tάξη", που σήμανε τη συσσώρευση εξαιρετικών δεινών και δοκιμασιών για τον ελληνικό λαό.
Η Ελλάδα περιήλθε σε τριπλή κατοχή, αφού διαμοιράστηκε ανάμεσα στους Γερμανούς και τους συμμάχους τους, Iταλούς και Bουλγάρους. Στη Bουλγαρία παραχωρήθηκε μια ζώνη ανάμεσα στο Στρυμόνα και το Nέστο, που αργότερα επεκτάθηκε ως την Αλεξανδρούπολη, καθώς και τα νησιά Θάσος και Σαμοθράκη. Oι Γερμανοί κράτησαν τα 2/3 του Έβρου, την κεντρική και ανατολική Mακεδονία, κάποια νησιά του Aιγαίου, την Aττική και την Kρήτη. Στην Iταλία περιήλθε η υπόλοιπη Eλλάδα.
Στη ζώνη της βουλγαρικής κατοχής, την κατάσταση επιδείνωσαν οι μεθοδικές προσπάθειες αφελληνισμού που επιχείρησαν οι Βούλγαροι, με την καταδίωξη του ελληνικού πληθυσμού (φόνοι, διώξεις κληρικών και δασκάλων, μεταγωγή ανηλίκων στη Βουλγαρία σε καταναγκαστικά έργα, επαχθέστατη φορολογία) και την εγκατάσταση Βουλγάρων εποίκων. Από τα κορυφαία δείγματα της βουλγαρικής θηριωδίας υπήρξαν τα γεγονότα της Δράμας, η ομαδική εκτέλεση από τους Βουλγάρους 3000 πατριωτών στο Δοξάτο και τα άλλα χωριά, προς καταστολή της αυθόρμητης εξέγερσης και κατάλυσης των βουλγαρικών αρχών κατοχής, στις 28 και 29 Σεπτεμβρίου του 1941. Γενικά, η αντίδραση των Μακεδόνων και των Θρακών στην καταπίεση και τον εκβουλγαρισμό απαντήθηκε με ωμότητες που ανησύχησαν ακόμα και τη γερμανική διοίκηση.
Προσπάθειες αφελληνισμού δεν έλειψαν ούτε από την ιταλική ζώνη. Στην Ήπειρο, συμμορίες Αλβανών, εξοπλισμένων από τους Ιταλούς, τρομοκρατούσαν την ύπαιθρο ενώ οι Ιταλοί προχώρησαν στην ίδρυση αυτόνομου "πριγκιπάτου" των Βλάχων στην Πίνδο.
Στη γερμανική ζώνη η κατάσταση ήταν εξίσου απελπιστική. Η απομύζηση αγαθών, πόρων και αποθεμάτων της χώρας, που καταδίκασε την οικονομία σε απόλυτο μαρασμό και συνακόλουθα τον πληθυσμό σε θανάσιμη πείνα, η καταστροφή της κάθε λογής υποδομής (συγκοινωνίες, κτίσματα), η απάλειψη κάθε ίχνους ελευθερίας, η τρομοκρατία των κατακτητών, οι φυλακίσεις, οι εκτελέσεις και οι εκτοπίσεις συνέθεσαν την εικόνα της ελληνικής εκδοχής της ναζιστικής νέας τάξης πραγμάτων, προκαλώντας την αντίσταση του ελληνικού λαού. Πρέπει να σημειωθεί ότι ο συνολικός φόρος αίματος του ελληνικού λαού στην περίοδο της Κατοχής τόσο από την πείνα και τις ποικίλες κακουχίες όσο και στο βωμό του απελευθερωτικού αγώνα συνολικά ξεπέρασε, αναλογικά προς τον πληθυσμό της χώρας, τον αντίστοιχο κάθε άλλου λαού της κατεχόμενης Ευρώπης.