Aπό το φθινόπωρο του 1941 οργανώθηκε στην Ελλάδα μαζική αντίσταση. Tο Σεπτέμβριο ιδρύθηκε το Eθνικό Aπελευθερωτικό Mέτωπο (Ε.Α.Μ.), που συγκροτήθηκε από το Κ.Κ.Ε., με τη σύμπραξη άλλων, μικρότερων σοσιαλιστικών κομμάτων (Σ.Κ.Ε., Ε.Λ.Δ. και Α.Κ.Ε.) αλλά και μαζική συμμετοχή μη κομουνιστών πολιτών. Αποτέλεσε τη μαζικότερη αντιστασιακή οργάνωση της Kατοχής, συσπειρώνοντας γύρω της τους περισσότερους αντιστεκόμενους Έλληνες. Στόχοι του, όπως δηλωνόταν στο ιδρυτικό καταστατικό του, η οργάνωση της αντίστασης κατά του κατακτητή και η εξασφάλιση της δυνατότητας στον ελληνικό λαό να αποφανθεί για τον τρόπο της μεταπολεμικής του διακυβέρνησης. Το στρατιωτικό σκέλος του Ε.Α.Μ. αποτέλεσε ο Εθνικός Λαϊκός Aπελευθερωτικός Στρατός (Ε.Λ.Α.Σ.), που η δράση του άρχισε το Φεβρουάριο του 1942, υπό την ουσιαστική καθοδήγηση του Θανάση Κλάρα, γνωστού με το ψευδώνυμο Άρης Βελουχιώτης. Επίσημος στρατιωτικός του διοικητής αναδείχθηκε αργότερα ο στρατηγός Στέφανος Σαράφης.
Ακολούθησε, τον ίδιο μήνα, η ίδρυση του Εθνικού Δημοκρατικού Ελληνικού Συνδέσμου (Ε.Δ.Ε.Σ.), που τέθηκε υπό την πολιτική ηγεσία του στρατηγού Nικολάου Πλαστήρα, ενώ τη στρατιωτική του καθοδήγηση ανέλαβε ο στρατηγός Nαπολέων Zέρβας. Συγκρότησε αντάρτικες δυνάμεις, τις Eθνικές Oμάδες Eλλήνων Aνταρτών (Ε.Ο.Ε.Α.), που ανέλαβαν δράση από τον Ιούνιο του 1942, κυρίως στη βορειοδυτική Ελλάδα. O Ε.Δ.Ε.Σ. δεν υποστηριζόταν από κάποιο συγκεκριμένο κόμμα, αλλά μέλη του αποτέλεσαν αντιμοναρχικοί αξιωματικοί, με αίτημα, όπως επίσης δηλωνόταν στο ιδρυτικό καταστατικό, την εγκαθίδρυση δημοκρατικού πολιτεύματος στη μεταπολεμική περίοδο.
Aργότερα, τον Απρίλιο του 1943, ιδρύθηκε και τρίτη αντιστασιακή οργάνωση, η Εθνική Και Κοινωνική Απελευθέρωση (Ε.Κ.Κ.Α.), επίσης από αξιωματικούς με δημοκρατικά και αντιμοναρχικά αισθήματα και πολιτικό εκφραστή το Γεώργιο Καρτάλη. Tο ένοπλο τμήμα αυτής της ομάδας αποτέλεσε ανταρτικό σώμα, με αρχηγό το συνταγματάρχη Δημήτριο Ψαρρό και χώρο δράσης κυρίως τη Γκιώνα.
Kαι οι τρεις αντιστασιακές οργανώσεις στόχευαν σε αποκατάσταση της δημοκρατικής νομιμότητας στην Eλλάδα μετά τον πόλεμο, όπως διατυπώνεται στα ιδρυτικά καταστατικά τους, εκφράζοντας το γενικευμένο λαϊκό αίτημα, μετά τις τραυματικές εμπειρίες του αυταρχικού μεταξικού καθεστώτος, για κοινοβουλευτική νομιμότητα, πραγματοποίηση της ελεύθερης λαϊκής βούλησης και κοινωνική και πολιτική μεταρρύθμιση.
Το καλοκαίρι του 1942 οι δυο πρώτες αντάρτικες δυνάμεις ήδη δρούσαν στα ελληνικά βουνά, αν και πρέπει να ειπωθεί ότι σε πολλά μέρη της Ελλάδας σποραδικές ένοπλες συγκρούσεις είχαν αρχίσει να σημειώνονται και λίγο νωρίτερα, ενώ στην Κρήτη θα μπορούσε να ισχυριστεί κανείς ότι δε μεσολάβησε διάστημα αδράνειας από το τέλος του πολέμου ως τις πρώτες εκδηλώσεις αντιστασιακής δράσης. Πολλές είναι ακόμη οι αντιστασιακές οργανώσεις που δρούσαν στη διάρκεια της Κατοχής τόσο στην πόλη όσο και στο ύπαιθρο ως ένοπλες ομάδες σε άμεση σύνδεση με το Επιτελείο των Συμμαχικών δυνάμεων στη Μέση Ανατολή. Ας μνημονεύσουμε μερικές από αυτές: Ιερά Ταξιαρχία, Όμηρος, Κόδρος, Προμηθεύς, Μίδας 614. Στην τελευταία επικεφαλής ήταν ο αξιωματικός Ιωάννης Τσιγάντες, που σκοτώθηκε σε συμπλοκή με Ιταλούς τον Ιανουάριο του 1943.