Έντονες διαφορές ιδεών και αντιλήψεων χαρακτήριζαν τους ανθρώπους που με τον έναν ή τον άλλο τρόπο στρατεύτηκαν στην υπόθεση του εθνικού αγώνα. Με την πάροδο του χρόνου, οι διαφορετικοί πολιτικοί στόχοι που τελικά φάνηκε ότι έθεταν για τη μεταπολεμική Eλλάδα, ο βαθμός της ταύτισης ή της διάστασής τους προς την εξόριστη βασιλική κυβέρνηση και κυρίως η βρετανική πολιτική στα ελληνικά ζητήματα τους οδήγησαν σταδιακά σε αγεφύρωτη διάσταση. H συνεργασία των αντιστασιακών ομάδων σε επιχειρήσεις δολιοφθοράς σε βάρος των κατακτητών -μείζων ανάμεσά τους η ανατίναξη της γέφυρας του Γοργοποτάμου- στην ουσία δε διατηρήθηκε μετά το 1942. Η αποτυχία της αποστολής της αντιπροσωπείας των εαμικών ανταρτών στο Κάιρο τον Αύγουστο του 1943 (με αιτήματα τη συμμετοχή τους στην εξόριστη κυβέρνηση και τη μη επιστροφή του βασιλιά στην Ελλάδα παρά μόνον κατόπιν διεξαγωγής θετικού γι' αυτόν δημοψηφίσματος) εξάλειψε κάθε προοπτική συνεργασίας και από τον Οκτώβριο του ίδιου χρόνου άρχισε καταστρεπτική διαμάχη ανάμεσα στον Ε.Λ.Α.Σ. και τον Ε.Δ.Ε.Σ. (ο οποίος ευθυγραμμίστηκε τελικά με τη βασιλική κυβέρνηση απέναντι του Ε.Λ.Α.Σ.), με ένοπλες συμπλοκές, που κατέληξε σε μια κοπιώδη ανακωχή το Φεβρουάριο του 1944. H ίδρυση το Μάρτιο του 1944 από το Ε.Α.Μ. της Πολιτικής Επιτροπής Εθνικής Απελευθέρωσης (Π.Ε.Ε.Α.), η οποία θα ασκούσε κυβερνητικές λειτουργίες στην Ελεύθερη Ελλάδα των βουνών, με έδρα το χωριό Κορυσχάδες Ευρυτανίας, θορύβησε τα μέγιστα την εξόριστη κυβέρνηση του Καΐρου.
Στους κόλπους των ελληνικών δυνάμεων του εξωτερικού αναπαράχθηκαν επίσης οι αντιθέσεις που χαρακτήρισαν και τα ελλαδικά αντιστασιακά σώματα μεταξύ τους και ως προς τη βασιλική κυβέρνηση. Την ίδια εποχή, ομάδες των εκεί αξιωματικών και στρατιωτών κινήθηκαν δυναμικά υπέρ του αιτήματος μιας κυβέρνησης εθνικής ενότητας. H κίνηση αυτή, που από τους Άγγλους θεωρήθηκε ανταρσία, καταστάλθηκε από κοινές ελληνικές και βρετανικές δυνάμεις και κατέληξε στον εγκλεισμό 10.000 Ελλήνων στρατιωτών σε στρατόπεδα της Αφρικής.
Αποτέλεσμα της κρίσης αποτέλεσε η ανάδειξη του Γεωργίου Παπανδρέου ως πρωθυπουργού της εξόριστης κυβέρνησης, γεγονός που σημείωσε την αρχή της διαδικασίας συγκρότησης κυβέρνησης εθνικής ενότητας. Το Μάιο συγκλήθηκε γι' αυτό το σκοπό διάσκεψη στο Λίβανο, όπου παρευρέθηκαν αντιπρόσωποι απ' όλες τις αντιστασιακές και πολιτικές δυνάμεις. Η αρχική άρνηση των εαμικών, παρά την επί τόπου κατάφαση της αντιπροσωπείας τους, να συμφωνήσουν με τις προτάσεις της κυβέρνησης, κάμφθηκε τον Αύγουστο, όχι άσχετα προς την κατάληξη των αγγλοσοβιετικών συνεννοήσεων για τις ζώνες επιρροής στα Βαλκάνια. Δέχθηκαν δευτερεύουσα θέση στην κυβέρνηση Παπανδρέου ενώ, το Σεπτέμβρη του ίδιου χρόνου, με τη συμφωνία της Καζέρτας, δεσμεύθηκαν να θέσουν τις στρατιωτικές τους δυνάμεις στη διάθεση των Βρετανών. Τελικά, η κυβέρνηση Παπανδρέου, που εισήλθε στην Αθήνα με την Απελευθέρωση, αποτελούνταν και από έξι υπουργούς από το Ε.Α.Μ.
Μέσα σ' αυτό το κλίμα, νέες εξελίξεις μετά την αποχώρηση των Γερμανών, σε συνδυασμό με τις από καιρό μεθοδεύσεις των Βρετανών, μετά τους πανηγυρισμούς και τη διάθεση ευφορίας που ακολούθησαν την Απελευθέρωση, οδήγησαν πολύ άμεσα στην περιπέτεια ενός σκληρού εμφύλιου πολέμου που συγκλόνισε την Ελλάδα ως το 1949 και σημάδεψε την πολιτική και κοινωνική ζωή της χώρας για πολλές δεκαετίες.